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Los arrecifes coralinos son considerados entre los ecosistemas marinos más ricos en biodiversidad del planeta, por tal razón son considerados el segundo mas importante a nivel mundial.
Un arrecife es la estructura rocosa sobre la plataforma submarina, que ha sido formada por los esqueletos de los corales y otros organismos marinos. Otras palabras que se emplean para el arrecife son cayo y bajo. No todas las especies de corales forman arrecifes.
El Sistema Mesoamericano es el mayor arrecife de coral en el hemisferio occidental y el segundo arrecife más grande del mundo, después de la Gran barrera de coral en Australia y se ubica en el mar Caribe a lo largo de las costas de México, Belice Guatemala y Honduras extendiéndose a 700 kilómetros desde la península de Yucatán, hasta las Islas de la Bahía en la costa norte del país.
Algunas especies viven en áreas profundas donde no hay arrecifes, otras especies no crecen lo suficientemente rápido o de forma maciza como para formar arrecifes.
El exoesqueleto calcáreo es lo que en realidad forma el armazón del arrecife. A medida que van muriendo los corales, se quedan los restos calcáreos de los esqueletos sobre los cuales crecen nuevos corales.
Además, a medida que los pólipos se reproducen asexualmente, el coral aumenta de tamaño y en consecuencia el arrecife crece. Al igual que en el coral, la porción coralina viva de un arrecife se encuentra en la superficie.
La base y la parte interna del arrecife están formadas por los esqueletos de corales muertos que existieron hace cientos y miles de años.
Las funciones ecológica de los arrecifes y los pastos marinos,el arrecife coralino es uno de los ecosistemas del mundo con más alta biodiversidad y constituye una protección natural contra los oleajes fuertes.
Pastos marinos funcionan como unan trampa de sedimentos para proteger los arrecifes y sirven de refugio y fuente de alimentos para especies juveniles y marinas.
Beneficios económicos de los arrecifes y los pastos marinos:
Por su belleza natural atraen turistas lo que genera ingresos a la población.
Los arrecifes y los pastos marinos proveen a la población recursos marinos de alto valor comercial.
En la isla se han identificado hasta el momento 167 especies de peces arrecifiales.
Entre los tipos de pasto marino que posee Roatán podemos destacar entre los más importantes:
1.-El pasto tortuga
2.-El pasto manatí.