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La Fundación Cayos Cochinos, son comanejadores del lugar, ya que tiene un convenio de comanejo con el Instituto de Conservación Forestal y la Municipalidad de Roatán, para el monumento natural marino archipiélago Cayos Cochinos que es una de las 21 areas marino protegidas de Honduras
Ellos como organización trabajan diversas temáticas entre las que se encuentran el Desarrollo Comunitario, la investigación, programas de conservación como por ejemplo el programa de conservación de tortugas Carey, programas de monitoreo avalado por el Gobierno de Honduras
En la fundación tienen diversos programas de conservación dentro de los que destacan los de pesquería de langosta, caracol de muchas de las especies que son de importancia comercial ellos lo monitorean para determinar el impacto de la pesca en la zona
En la parte terrestre existen programas de conservación de especies únicas como la Boa Rosada también tienen una especie de Iguana negra que se le llama comúnmente Jamo que solo se encuentra en el Valle de Aguan y en Cayos Cochinos
También se hace una labor fuerte en el tema de educación ambiental en el cual el próximo año estarían arrancando con un programa con otros socios estratégicos por lo que es una fundación con bastante experiencia en el tema
La fundación ha hecho un análisis de la afluencia de turística en Cayos Cochinos y en el 2015 se recibía de 15 mil a 16 mil turistas y actualmente se está recibiendo 27 mil turistas en el año.
La fundación considera que por la fragilidad de los ecosistemas ya se está recibiendo cierto impacto porque los ecosistemas son frágiles y consideran que se necesitan tener visitantes consientes para que no haya un daño
Marcio Aronne Biólogo Marino de la Fundación nos dijo “Nosotros estamos aplicando una política que se llama “Sin dejar Rastro” son siete principios que consisten en: desplácese por sitios seguros, respete la cultura, la basura tiene que ir en su lugar, que todas las personas sean guiadas con un tour operador, Todos los turistas por el plan de manejo actual tiene que entrar a la estación científica en el Cayo menor es la puerta única de entrada ya que reciben una formación y luego su guía los lleva a donde está destinado según su tour”.
Entre los atractivos de la zona están sus arrecifes, sus comunidades garífunas, sus especies únicas y sus bellas playas.