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Las primeras personas que habitaron este municipio eran mayormente tolupanes, que se organizaban en tribus.
En el siglo XIX, los habitantes de este municipio se concentraron mucho en la actividad bananera. La Ceiba adquirió el título de municipio el 23 de agosto de 1877, su primer alcalde fue el señor Mariano Guiraud de origen francés.
El nombre de la ciudad se debe a un gigantesco árbol de ceiba que se alzaba a orillas del mar Caribe, lugar donde hoy convergen la principal avenida y la primera calle.
La grandeza de este árbol de ceiba era tan impresionante que los primeros pobladores (garífunas provenientes de la isla de San Vicente) aseguraban que era «la escalera que utilizaba cuando bajaba del cielo a visitar la Tierra. De hecho, había tantos árboles de Ceiba, o Ceibon, por lo cual los habitantes se acostumbraron a llamar este lugar «La Ceiba».
La ciudad puerto se comenzó a formar en el año de 1872, cuando el Sr. Manuel Hernández edificó una choza bajo el descomunal árbol. Alrededor de ésta se fueron estableciendo otros vecinos, atraídos por la fuente de riqueza que les ofrecía en ese entonces; el cultivo del banano.
El comercio de esta fruta atrajo la atención de las grandes compañías bananeras norteamericanas, las cuales comenzaron a establecerse en la ciudad y esta fue poblándose con inmigrantes nacionales y extranjeros. Esto dio lugar a una organización del conglomerado urbano, en el que aún se destaca como zona comercial la Avenida San Isidro. Con los años mejoró la infraestructura de la ciudad pero siempre se mantuvo; el casco histórico caribeño con sus amplias calles.
La Ceiba fue declarada municipio el 23 de agosto de 1877, durante el gobierno del Doctor Marco Aurelio Soto, siendo el núcleo del emporio bananero y eje sobre el cual giraba toda la economía regional. Esto llevó al nacimiento de nuevas y más grandes compañías nacionales.
En la actualidad, La Ceiba es la tercera ciudad y el segundo puerto en importancia del país, supera los 250.000 habitantes en más de 260 barrios y colonias asentados sobre una superficie de aproximadamente 6000 hectáreas. Tiene el índice de alfabetismo más alto en Honduras.
La Ceiba es conocida a nivel centroamericano por su Feria Isidra, la cual se lleva a cabo en el mes de mayo y culmina con el Gran carnaval internacional de la Amistad en el tercer sábado del mes. La avenida principal se convierte en una gigantesca pista de baile, donde la gente se divierte al ritmo de la música caribeña. Aún sin carnaval el ambiente festivo se mantiene a lo largo de todo el año en la «zona viva,» con sus discotecas y bares de diferentes tipos.